Вы можете настроить IMAP в Outlook, и Outlook обычно представляет его так, как если бы у вас было 2 разных почтовых ящика (один для POP, другой для IMAP).
Когда вы настраиваете учетную запись в Outlook - убедитесь, что вы правильно их пометили (чтобы вы знали, какой из них IMAP, а какой POP), а затем просто перетащите (или вырежьте и вставьте) свою электронную почту (или целые папки) из сторона POP в сторону IMAP.