Менеджер пакетов сначала загружает все пакеты, а затем устанавливает их. Пока он загружается, вы можете прервать его в любое время без проблем.
Прерывание после начала установки может иногда привести к поломке, и вам следует избегать этого, если это возможно.
Обычно повторный запуск процесса обновления будет продолжаться нормально, возможно, с просьбой выполнить какую-либо команду из командной строки. Но вам лучше не выключать вашу систему, пока все обновления не будут завершены.