У меня такая же проблема. Игра с приложением Gnome Tweaks, включение / выключение системных папок на рабочем столе, иногда решает проблему случайным образом, но возвращается снова, особенно при выходе из системы. Запуская диагностику купола, все, что я могу сказать, это то, что если вы продолжите запуск nautilus до запуска nautilus-desktop, это решит проблему, но вы должны оставить nautilus запущенным, что глупо. В противном случае при первом запуске nautilus-desktop выдается следующая ошибка:
Невозможно создать прокси-сервер freedesktop для диспетчера файлов: ошибка вызова StartServiceByName для org.freedesktop.FileManager1: GDBus.Error: org.freedesktop.DBus.Error.Spawn.ExecFailed: не удалось выполнить программу org.freedesktop.FileManager1: нет такого файла или каталога: