Наилучшее предположение: вы странно разбили свой USB-накопитель, так что, например, файловая система FAT находится в разделе, перекрытом файловой системой NTFS на всем диске. Поскольку обе операционные системы будут проверять обе опции, но Win98 не сможет прочитать NTFS, они обнаружат разные файловые системы. Это по-прежнему будет означать, что обе файловые системы будут каким-то образом «повреждены» (имея информацию, которой они не принадлежат), но если ваш диск большой и на нем всего несколько файлов, он может долго не появиться.
Проверьте Управление дисками на Win2000 и fdisk на Win98 и сравните их вывод. Или загрузитесь с живого компакт-диска Linux и проверьте, какие файлы вы видите там, и как происходит разбиение с помощью cfdisk.
Чтобы очистить это, сохраните все файлы, которые вам все еще нужны в другом месте, и заполните все сектора диска (или только первые несколько мегабайт) нулями, затем разделите и отформатируйте ваш диск снова (на этот раз в формате, который могут все ваши операционные системы) читать :))
И если какая-либо из ваших машин спросит, нужно ли переформатировать диск, всегда говорите «нет» (без предварительной очистки первых секторов), потому что это может в некоторых неясных случаях привести к таким проблемам.
(Это также может быть ошибка прошивки / драйвера, так что одна из ваших ОС не видит какую-то часть диска, но если другие USB-накопители работают нормально, это не настоящая проблема.)