Это происходит потому, что при генерации ключа шифрования (который основан на вашем пароле) возникает случайный фактор.
На практике архивирование одних и тех же файлов с одинаковой степенью сжатия без шифрования должно приводить к одинаковым файлам, а при архивировании одних и тех же файлов с одинаковой степенью сжатия с использованием шифрования - разные файлы.