Вы можете поместить файлы .el практически в любое удобное для вас место, но вам нужно добавить каталог в путь загрузки Emacs, например:
(setq load-path (cons "~/path/to/orgdir/lisp" load-path))
Вставь это в свой .emacs
файл.
Больше информации на странице установки в режиме org .