Каким-то образом оконный менеджер не запускается, зависает или падает (так что, на самом деле, он не управляет окнами, и границы окон не прорисовываются).
Вполне возможно, что отключение визуальных эффектов заставляет вещи работать снова (это запустит metacity и заставит Ubuntu использовать его).
Если вы по-прежнему хотите использовать Compiz, возможно, он зависает или зависает из-за одного эффекта и отключает его, что может заставить Compiz работать снова, но не всегда легко узнать, что его вызывает.