Используя ImageMagick, вы можете добиться этого следующим образом:
convert source.jpeg -white-threshold 75% target.jpeg
Все пиксели в исходном изображении с уровнем яркости 75% или выше будут иметь белый цвет в целевом изображении. Просто играйте с пороговым значением, пока не получите что-то, что хорошо работает. Это может быть проблемой, если части рисунка получаются ярче, чем бумага при сканировании, но обычно это не так.