Открытие файла PDB в GROMACS в Windows с помощью Cygwin?

323
Neena1490

Я впервые пользуюсь GROMACS. Согласно этому превосходному учебнику ( http://www.mdtutorials.com/gmx/lysozyme/01_pdb2gmx.html ), я загрузил файл PDB для лизозима, затем удалил молекулы воды, введенные в следующую команду на CygwinShell (с активированной GROMACS) ,

$ gmx pdb2gmx -f 1AKI_clean.pdb -o 1AKI_processed.gro -water spce

Однако я получаю сообщение об ошибке:

В параметре командной строки -f файл 1AKI_clean.pdb не завершается или недоступен.

Пожалуйста, совет, где я иду не так. Любое понимание будет оценено. Спасибо, Нина

0
где находится файл 1AKI_clean.pdb? matzeri 6 лет назад 0
Спасибо, что указали на это, теперь, когда я перенес файл в рабочий каталог, я больше не получаю эту ошибку. Neena1490 6 лет назад 0

0 ответов на вопрос

Похожие вопросы