Я не знаком с Aquamacs, но вот что я делаю со стандартными emacs:
emacsclient -n -e '(raise-frame (select-frame (make-frame-command)))'
Вы можете сделать это псевдонимом оболочки, сценарием оболочки или связать его с горячей клавишей или чем-то подобным.