Все остальные выбирают между FAT32 и NTFS, но есть еще одна альтернатива: exFAT.
exFAT работает с любой версией Windows, более новой, чем XP, и работает на Ubuntu Linux с пакетом exfat-fuse (запустите sudo apt-get install exfat-fuse в терминале). Я не уверен, когда впервые появилась поддержка OS X, но я считаю, что это работает на Mac
Я также не уверен на 100% в том, насколько надежен exFAT в Linux, но я достаточно уверен, что ваши файлы не исчезнут и не смонтируются в один прекрасный день. Это следующая тема, которую я бы исследовал, если бы был на вашем месте.
exFAT не имеет тех же ограничений FAT32 для максимального размера файла (4 ГБ). Однако это еще одна проприетарная файловая система от Microsoft, поэтому она может быть не полностью реализована в Linux. Я также советую настроить способ резервного копирования файлов (например, в Dropbox).
Для получения дополнительной информации о exFAT см. Здесь: https://en.wikipedia.org/wiki/ExFAT.