Хорошо, во время отладки я сделал простую чертову обертку вокруг функции, и она начала работать. Вероятно, таймер передает функции что-то смешное в аргументах, или закрытие было неправильным. В любом случае. :)
(defun progo-run-agenda-store () "" (message "Agenda to be exported... ") (org-batch-store-agenda-views) (message "Agenda exported!")) (run-at-time 5 5 'progo-run-agenda-store)