Любой клиент POP3 или IMAP для этого почтового ящика?
Кажется странным, если пропавшее сообщение является нерегулярным. Чтобы сузить эту проблему, попробуйте удалить всех клиентов из этого почтового ящика и оставить только OWA. (неплохо было бы создать новый тестовый аккаунт, если мы сможем его воспроизвести)
Если в OWA все в порядке, мы используем эксклюзивный метод для его сужения. (начните настраивать клиент Outlook или ActiveSync по одному)
Если проблема сохраняется в OWA, откройте IIS, чтобы сравнить клиентское соединение, а также действие в журнале аудита.