Я бы сказал, что Linux имеет более быструю реализацию стека TCP / IP.
Кроме того, на компьютерах под управлением Windows часто запускается антивирусное программное обеспечение, которое сканирует всю файловую активность в режиме реального времени, что может замедлять файловые операции на FTP-сервере. Машины с Linux обычно не запускают такое программное обеспечение AV :-)