Хотя я не могу ответить на ваш вопрос о подробном объяснении того, как работает синхронизация OneNote, я могу сказать, что она все еще построена на старом groove.exeклиенте с момента приобретения этой технологии корпорацией Microsoft.
Однако указанные вами признаки свидетельствуют о повреждении копии ноутбука в кеше. Я видел это только один раз, но у Microsoft где-то есть технические замечания по этому вопросу (извините, я не смог их найти).
«Исправление» заключается в удалении локальной копии записной книжки.
Я думаю, что в вашем случае вам, вероятно, нужно создать новую записную книжку на сервере, а затем скопировать заметки.
Записные книжки - это просто набор сжатых файлов XML и некоторых папок, которые очень легко копировать.