Вы не выключаете виртуальную машину. Вы выдергиваете шнур питания, так сказать. Результаты такие же, как после потери питания - если ОС не сбросила некоторые модификации «диска», они будут потеряны, а файловая система, возможно, повреждена.
Всегда используйте команду «shutdown» в гостевой ОС и подождите, пока виртуальная машина сбрасывает ожидающие записи, закрывает службы, и в конце концов окно само закрывается.
В качестве альтернативы, используйте команду монитора Qemu system_powerdown, которая имитирует нажатие кнопки питания и заставляет виртуальную машину начать обычный процесс выключения. (Монитор Qemu можно активировать с помощью -monitor stdio.)