Описанный вами эффект во многом зависит от системного вызова, запускающего файл. Вызов Windows API для выполнения программы имеет много параметров, поэтому все зависит от программиста Microsoft.
Такие различия распространены в Windows, которая имеет огромную базу кода, написанную многими программистами. Нужно изучить различия и адаптироваться, так как Windows - это закрытая система. Вы / мы не можем «починить» Windows.