Предполагая, что вы можете исключить, что это глобальная проблема (ваш второй абзац заставляет меня задуматься), вот несколько вещей, которые вы можете попробовать:
Сначала я запускаю Atom в безопасном режиме atom --safe, чтобы убедиться, что проблема вызвана пакетом. В безопасном режиме Atom запускается без загрузки каких-либо сторонних пакетов или настроек.
Затем я бы использовал средство определения привязки клавиш, чтобы проверить, используется ли пробел-ключ одним из пакетов. Чтобы сделать это, запустите Key Binding Resolver: переключите и нажмите Space. Если он используется пакетом, он будет отображаться в нижней части редактора.
Если ничего из этого не помогает, вам нужно отключить пакеты один за другим, чтобы найти пакет, вызывающий проблему.