Мокубай прав, пересмотренный сценарий работает следующим образом ...
@echo off :start3 set /a var+=1 rngcapture.exe %ChosenComm% C:\rngcapture\10Files20MB\%RANDOM%%RANDOM%%RANDOM% 20971520 if %var% EQU 10 goto end3 goto start3 :end3 echo var has reached %var%. pause GOTO MainMenu