Кажется, это работает для меня (на Лев):
sudo ./xcode-select -switch /Applications/Xcode.app
Это зависит от того, где установлен Xcode. Раньше он был установлен в, /Developer
но теперь при установке из App Store он устанавливается в /Applications
папку, как и все остальные.
И да, это ошибка интеграции, когда каждое приложение предполагает, что за это отвечает другое, и в конечном итоге никто этого не делает.