xcode 3.1.3 не будет работать с SL, вам нужен 3.2, который поставляется с DVD. столько вы уже поняли (но, честно говоря, со мной произошло нечто подобное; разве установщик SL не видит, что установлен xcode, и предлагает мне установить 3.2 ??).
Я не знаю точно, что случилось с вашей установкой, но я бы предположил, что удаление / переустановка 3.1.3 на ОС, с которой он не должен играть хорошо, испортила что-то.
я бы предложил попробовать:
sudo /Developer/Library/uninstall-devtools --mode=all который будет чисто удалить весь xcode, а затем переустановить xcode 3.2 (снова) и посмотреть, исчезнет ли проблема.