LSI MegaRaid, вероятно, даст вам лучшую производительность, но это особенно заметно, когда вы делаете что-то вроде RAID-5, где используются вычисления четности. Другое преимущество аппаратного RAID состоит в том, что, если он работает от батареи, вы в хорошей форме в случае сбоя питания (данные, сбрасываемые на контроллер, будут сохраняться батареей).
Недостатком, как вы упомянули, является то, что при работе с аппаратными RAID-контроллерами, если контроллер перегорел, у вас могут возникнуть проблемы с восстановлением данных (насколько точное соответствие вам необходимо с точки зрения аппаратного обеспечения, зависит от контроллера / прошивки / и т. Д.).
Программный RAID-1 довольно хорош в наши дни, и если вы просто используете компьютер для дампа файлов, производительность, вероятно, будет более чем достаточной. В зависимости от того, как работает программный RAID, вы можете просто перебросить диски на другую машину и использовать их (некоторые программы, такие как gmirror в FreeBSD, сохраняют информацию RAID в конце диска, поэтому до этого момента это был просто обычный старый диск). - Я не уверен насчет программного RAID-массива Windows, но скоро должен появиться кто-то, кто может говорить об этом с определенными полномочиями).
Я бы не стал тратить ваше время и силы на программный RAID 5 (похоже, вы все равно не планируете :).
Кроме того, стандартный шаблон - как упомянул joeqwerty, вам все еще требуется резервное копирование - RAID - это резервирование, которое защищает вас, если один из ваших дисков умирает, но он ничего не спасает, если оба диска повреждены или вы случайно удалили файл, который вы необходимо.