Я смог заставить wpa_supplicant работать из командной строки без его запуска в качестве службы, используя пример man-страницы.
wpa_supplicant -B -c/etc/wpa_supplicant/wpa_supplicant.conf -iwlan0
чтобы запустить его как сервис и заставить его работать, мне потребовалось изменить файл модуля wpa_supplicant.service
sudo systemctl edit --full wpa_supplicant.service
изменив строку execstart на:
ExecStart=/sbin/wpa_supplicant -iwlan0 -c/etc/wpa_supplicant/wpa_supplicant.conf -u -s -O /run/wpa_supplicant
Все еще не совсем уверен, как заставить все интерфейсы использовать этот файл .conf, но это заставило меня работать как служба.