Откройте редактор реестра Windows и перейдите к ключу HKEY_CLASSES_ROOT\Directory\Background\shell\GitKraken\command.
Значение по умолчанию будет установлено примерно так: "X:\Users\username\AppData\Local\gitkraken\update.exe" --processStart=gitkraken.exe --process-start-args="-p %L"
Переключите последний параметр с %Lна %V, т.е. команда должна быть: "X:\Users\username\AppData\Local\gitkraken\update.exe" --processStart=gitkraken.exe --process-start-args="-p %V"