Это не совсем понятно из вашего вопроса, но я предполагаю, что у вас есть права на запись в /etc/tomcat/confкаталог, а также права на запись для всех файлов в /etc/tomcat/confкаталоге. Если это так, vim должен оставить владельца файла без изменений, если в вашем .vimrc нет настроек не по умолчанию.
Попробуйте выполнить, :set backupcopyчтобы увидеть значение backupcopyпеременной. Если он установлен, noчто это плохо, потому что vim переименует файл и напишет новый (см. :help backupcopy).
Если у вас нет прав на запись в /etc/tomcat/confкаталог, vim должен четко предупредить вас, что он не может записать файл, и вы сможете делать это только с помощью :w!. Кроме того, я был бы удивлен, если бы nano все еще работал, если бы это было так, поскольку, насколько я знаю, nano не сможет полностью писать в этом случае.