Насколько я понимаю, «скрытые» разделы являются пережитком для обхода ограничений MBR и ранних версий Windows. Они полезны для того, чтобы иметь более одного логического тома на диске, и для указания ОС не смотреть на определенные разделы во время загрузки.
Я не знаю, что вы имеете в виду, когда в linux уважают «скрытые» разделы, потому что вы точно можете их смонтировать. Если вы хотите, чтобы содержимое «скрытого» раздела было конфиденциальным, вам следует подумать о его шифровании.
Если вы действительно хотите иметь незашифрованный контент на диске, но скрытый от ОС, кроссплатформенный способ - создать раздел и файловую систему на нем, а затем удалить этот раздел из таблицы разделов.
Затем вы предоставите сценарий «разблокировки», который восстановит таблицу разделов (легко), или программу, которая смонтирует раздел с помощью FUSE / winFsp (немного сложнее).
Кроссплатформенная зашифрованная файловая система будет проще, чем любая из них.