Так как
TrueCrypt имеет двойную загрузку с одной ОС, обращающейся к разделу за раз, проблем не должно быть.
Все, что вам нужно, это изолировать раздел данных и зашифровать его как том (а не файлы в нем).
Ваша идея D:
диска для Windows будет хорошо работать с монтируемым разделом для Ubuntu.
После этого вам нужно получить специфичные для платформы двоичные файлы TrueCrypt в Windows и Ubuntu .
В какую бы ОС вы не загружались, просто подключите зашифрованный том, и все готово.
Это будет работать и легко, потому что,
- TrueCrypt доступен на разных платформах
- Вы используете двойную загрузку и даже не делите раздел одновременно с Win / Ubuntu
- Если бы вы делились, это было бы обычно по сети (и ОС хоста смонтировала бы его)
- Вы, кажется, не ориентированы на попытку зашифровать загрузочные разделы
- что также может быть сделано (независимо для каждой ОС, если вы этого хотите)
Я делаю это регулярно со съемным USB-накопителем.