Большинство приложений не знают о разреженных файлах и не будут создавать разреженные файлы.
https://msdn.microsoft.com/en-us/library/windows/desktop/aa365566(v=vs.85).aspx
Если вы копируете и вставляете файлы, которые не являются явно разреженными файлами, то разреженная функциональность NTFS не будет использоваться.