Дисплей выглядит по-разному для файлов, которые имеют временные метки, отличные от тех, которые действительно изменились
Цитируется из списка рассылки debian
Текущее поведение слияния таково, что в правом нижнем углу значка для файла с более новой отметкой времени используется маленькая красная точка, даже если сравниваемые файлы идентичны. Если файлы разные, тогда оба файла отображаются красным цветом с толстой красной точкой в файле с более новой временной отметкой.
Я использую Meld и считаю, что это лучшая графическая программа сравнения.
Может быть, Компаре будет делать то, что вы хотите.