Решение:
На экране входа в систему нажмите шестерёнку (для настроек) и выберите x11 вместо Wayland. Тогда это снова работает.
Проблема в том, что xmodmap
это часть Xorg, если вы запустите его так, что он сработает
https://itsfoss.com/switch-xorg-wayland/
(Это все еще не полное решение, но я надеюсь, что однажды Wayland будет поддерживать утилиту, подобную xmodmap)