Пока целевая версия программного обеспечения ниже, чем версия Ubuntu, которую вы сейчас используете, проблем не должно быть.
Это то же самое, что установка программы, предназначенной для Vista, на компьютере с Windows 7.
Если версия выше, чем версия Ubuntu, которую вы используете, это, скорее всего, проблема. Вы все еще можете попробовать и установить его, но успех маловероятен.
Обычно Ubuntu заботится о выборе «только правильной версии» пакета программ для вас (через управление пакетами). Приложения, подобные тем, которые вы упоминаете в своем вопросе и которые не поставляются через официальный репозиторий пакетов, являются скорее исключением, чем нормой (по крайней мере, так я чувствую).