Я почти уверен, что i3gaps - это форк, по сути модифицированная ветвь i3. Так что да, это i3 или i3-пробелы, если вы не знаете, как их разделить, чего, боюсь, нет.
Таким образом, пробелы не будут работать при запуске i3wm.
Однако, что касается вашей проблемы с графикой i3gaps, я вполне уверен, что это стандартная проблема, которую нужно исправить, добавив ее внизу вашего файла i3config.
for_window [class="^.*"] border pixel 1
Источник: http://www.reddit.com/r/unixporn/comments/2n43lu/i3_first_time_tiling_wm/
Итак, удалите все содержимое i3, пересоберите и установите i3gaps и сделайте 2-й выстрел! :)