Это странно, по крайней мере.
Перемещение файлов Windows фактически не перемещало файлы на сервере, но обновляет MFT, и все, но Linux должен скопировать файл на новое место и вместо этого удалить его на старом. Насколько я знаю, в проекте Samba используется обратный протокол CIFS.
Но если у вас есть сервер Samba в Linux, это не может быть проблемой.
Можете ли вы попробовать смонтировать общий ресурс CIFS в Linux и проверить, занимает ли перемещение файлов большую часть времени?