Есть ли способ запустить их [правила] вручную?
Да.
Используйте параметр «Включить правила запуска на существующей почте» в политике «Параметры почты», чтобы разрешить пользователям запускать правила почты для сообщений, которые уже хранятся в папках. Чтобы использовать эту функцию, пользователи должны использовать почтовый файл, обновленный до шаблона Mail9.ntf, который входит в 9.0.1 Feature Pack 9.