HFS + сам по себе не имеет защиты от rm -rf
вас, поскольку вы обошли все защитные меры.
Если бы это было на обычном жестком диске или даже SSD, и, поскольку вы обошли Trash, то вы бы выбрали ваше любимое программное обеспечение для восстановления, чтобы очистить диск от остатков файлов.
Поскольку вы делали это на аппаратном зашифрованном устройстве, которое никогда не было разработано так, чтобы пользователь мог на нем указывать на уровне папок, я думаю, что вам не повезло.
Восстановление iPad до последней резервной копии будет вашим единственным вариантом.