Graphviz (в частности, его точечный инструмент) может подойти. Он генерирует графические визуализации в форматах, включая Postscript и PNG, из источника, который выглядит следующим образом (в простейшем виде):
digraph citations { "paper 1" -> "paper 2"; "paper 2" -> "paper 3"; "paper 1" -> "paper 4"; … }
Хорошо генерировать удобочитаемую визуализацию, если график плоский, в противном случае - менее.