Это происходит потому, что wget использует html-файлы, чтобы знать, где сканировать дальше, когда сканирует веб-страницу. Я бы просто позволил wget заняться своими делами, а затем сделать rm * .html после того, как это будет сделано, или что-то подобное.
РЕДАКТИРОВАТЬ: Выполнение rsync *dynamicfile* /foo/barвторого каталога может быть лучшим способом фильтрации ваших файлов, чтобы сохранить только те, которые имеют правильное имя (при условии, что вы хотите сохранить некоторые html-файлы, если они имеют правильное имя)