Вам необходимо обновить BCD, чтобы он указывал на вашу новую установку Windows.
Конечно, поскольку теперь у вас есть два системных зарезервированных раздела Windows, у вас также есть два отдельных BCD, поэтому вам необходимо обновить оба из них.
Для BCD на новом диске 3 самый простой способ - временно отключить диск 0, загрузить компьютер с диска 3 с помощью средства восстановления Windows и позволить ему выполнить восстановление, которое добавит новую установку Windows. Если он не удалит предыдущую конфигурацию (не уверен), у вас будет рабочая мультизагрузочная конфигурация при использовании этой BCD при подключении диска 0, при условии, что вы используете эту BCD, то есть запускаете Диспетчер загрузки Windows на диске 3.
Для BCD на старом диске 0 вам нужно запустить Диспетчер загрузки Windows с диска 0, запустить BootRec
восстановление с помощью командной строки и использовать с / ScanOS, чтобы он обнаружил вашу новую версию Windows.