Avidemux великолепен:
http://sourceforge.net/projects/avidemux/
Avidemux - это бесплатный видеоредактор, предназначенный для простых задач вырезания, фильтрации и кодирования. Он поддерживает многие типы файлов, включая AVI, DVD-совместимые файлы MPEG, MP4 и ASF, используя различные кодеки. Задачи могут быть автоматизированы с использованием проектов, очереди заданий и мощных возможностей сценариев.
На ваш вопрос есть видеоурок:
https://www.youtube.com/watch?v=9rFAKH3V5p8
Все просто: откройте видео, которое вы хотите отредактировать, и выберите меню «аудио -> выбрать трек». На первой дорожке в первом поле со списком вы можете выбрать опцию «... Добавить звуковую дорожку», чтобы добавить собственную звуковую дорожку для этого видеофайла. После этого вы можете выбрать видео и аудио форматы вывода в левой части главного окна. Чтобы экспортировать объединенный видео / аудио файл, используйте: «Файл -> Сохранить».