--all
Вариант не соответствует git add <REPOSITORY_ROOT>
. Согласно документации :
-a
--allСкажите команде автоматически создавать файлы, которые были изменены и удалены, но новые файлы, о которых вы не сообщили Git, не будут затронуты.
(акцент мой)
git add
с другой стороны, также добавляет неотслеживаемые («новые») файлы.