Всегда лучше хранить как можно больше информации как можно дольше.
Сканирование в оттенках серого с последующим преобразованием в битовый формат дает вам возможность настроить пороги и, возможно, даже очистить некоторые изображения (хотя это может занять много времени), если результаты преобразования не достаточно хороши.
Сканирование в черно-белое изображение, хотя может быть достаточно хорошим для 80-90% документов (скажем), всегда будут такие, которые требуют ручного вмешательства.
Я полагаю, все зависит от того, насколько вы цените свое время и насколько хороши результаты.