Я подозреваю, что вы запустили другой оконный менеджер до этого. Что находится в вашем .xinitrc перед строкой exec ion3? Есть ли exec startkde, metacity или аналогичный?
Если этой информации недостаточно, мне нужно знать, из какого оконного менеджера вы переходите.