Из-за глупого подхода к проблеме мне потребовалось много времени, чтобы выяснить настоящую причину. Это связано с ошибкой в 7zip в месте, о котором я не думал.
При использовании списка файлов в Cli версии 4.57 появляется неправильное уведомление об ошибке. Если файл списка содержит несколько строк абсолютных путей (кажется, что работают относительные пути), которые указывают на файлы с одинаковыми именами в разных каталогах, появляется ошибка «Duplicate filename».
Я смог воспроизвести проблему, используя любые два файла с одинаковыми именами в разных каталогах с их абсолютным путем в файле списка.
В исходном вопросе при добавлении только 1 или нескольких файлов за раз это работало (сам файл архива был создан без проблем), поскольку файл списка (случайно) не содержал таких «повторяющихся имен файлов».
Официально это называется фича. Хотя я не уверен в этом, это без сомнения сбило меня с толку из-за отсутствия документов.