Из перечисленных вами решений SVN выглядит наиболее перспективным. Вам нужно будет хранить как минимум 1 копию набора в хранилище, поэтому вы будете использовать до 2 раз больше пространства (или 3 раза, если у вас есть 2 рабочие копии).
В наше время пространство на жестком диске (как правило) дешевое, поэтому я не думаю, что требования к пространству будут слишком обременительными, особенно по сравнению с попыткой создать собственное решение.
Вы также можете заглянуть в MS Sync Framework, который используется SyncToy.