С технической точки зрения все разделы на USB находятся на одном физическом чипе. В случае отказа чипа вы теряете оба. Тем не менее, если говорить о плохих секторах, то да, если плохие сектора влияют на один раздел, доступ к другому все равно возможен. Для этого убедитесь, что все разделы являются первичными, а не логическими. Логические разделы являются программными разделами и занимают одно и то же физическое пространство на диске. Первичные разделы разделены на оборудование. Фиксированное количество секторов выделено первичному разделу.
PS USB более надежны, чем оптические носители, так как последний уязвим для царапин и поломок. Я лично не знал никого, кто мог бы хранить эти важные данные на USB. Лучшая надежность предлагается в облаке.