Я бы предложил попробовать использовать программу photorec [1] как на исходной SD-карте, так и на жестком диске емкостью 2 ТБ, на который вы скопировали файлы. Он был специально разработан для восстановления удаленных файлов на сменных носителях. Я не уверен, что случилось с ext2fsd, но вы можете попробовать посмотреть, сможет ли ext2fsd увидеть файлы, если вы снова подключите жесткий диск к исходному компьютеру. Обратите внимание, что очень немногие люди разрабатывают и используют ext2fsd, поэтому я не могу сказать, насколько хорошо он работает.
[1] http://www.cgsecurity.org/wiki/PhotoRec
Большинство пользователей будут использовать Linux для чтения файловой системы в формате FAT / VFAT и копирования ее в файловую систему ext2 / 3/4, и не будут пытаться использовать Windows для этой задачи. Так что, к сожалению, использование использовало менее пройденный путь и натолкнулось на какую-то ошибку. :-(
Удачи!