Flowplayer (если вы говорите о программном обеспечении с http://flowplayer.org/ ) - это всего лишь JavaScript и Flash.
Если вы используете веб-сервер на базе Ununtu, вы загружаете файлы flash и js, как и любой другой статический файл.
Если вы используете веб-браузер на рабочем столе Ubuntu, вам просто нужно установить плагин Flash для любого браузера, который вы используете (и вы должны были спросить об этом в Superuser).