Для меня это звучит так, как будто ваш системный диск (USB?) Может выйти из строя или обновление прошло неправильно. Конфигурация должна быть здесь:
/data/FreeNAS-v1.db
Переустановка, вероятно, самый простой выход из этого. Если вы начнете восстанавливать его вручную, нет гарантии, что обновление не приведет к сбою.