Оказывается, что цветовое пространство было проблемой. Я решил проблему, преобразовав его из CMYK в RGB.
identify -verbose *. | grep -E '^(Image:|[[:blank:]]+Colorspace: CMYK)'| grep -Po 'Image: \K.*' | xargs -I % convert % -colorspace RGB footer.jpg -append combined/%