Было бы интересно увидеть команду, которую вы используете для создания архивов cpio. Я подозреваю, что вы используете find для генерации списка, и разница, вероятно, связана с тем, как BSD find и GNU find распечатывают свои соответствующие списки результатов.
В любом случае вы, вероятно, можете обойти это, вставив команду sed между find и cpio, чтобы убрать ./ из передней части имен файлов, например:
find folder | sed 's,^\./,,' | cpio -ov >/tmp/test.cpio В любом случае форматы cpio имеют различные ограничения, которые делают их менее пригодными в качестве архивов в современных системах. Поэтому было бы лучше использовать GNU tar или BSD tar для создания архивов pax, например:
bsdtar --format=pax -cvf /tmp/test.tar folder